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2022 iThome 鐵人賽

DAY 30
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16S rRNA 從次世代到三代定序-生資QIIME2資料分析趣系列 第 30

[Day 30] 微生物基因組 16S rRNA 生資定序分析 : 教學資源分享

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再往前一步,定序分析教學資源分享

官方資源

  • QIIME2 技術文件

    學會看技術文件是工程師的必修課程,
    儘管 QIIME2 的前端排版實在是有點難下嚥,
    由於所有的指令都放在那兒的,只是找不找得到的問題
    對於指令、必填參數與選填參數的查閱就要靠技術文件了,
    若有新版的 QIIME2 釋出也會出現於此,
    事實上,還有很多進階功能藏在此處,去找吧 !

  • QIIME2 社群

    BUG 急救區,基本上將錯誤訊息搜尋後,多半會跳出該網站連結,
    熱心的科學家們會為您解答各類疑難雜症,
    有時候試過一個沒有,那就試第二個,
    生命終究會找到出口的,
    找不到就休學

  • pb-16S-nf - GitHub README.md

    因為三代定序仍在發展,該套件最近才釋出,
    並無相關教學資源,進階步驟查閱 README.md 是目前最佳途徑,
    再深入點就是看 Source code ~

友站教學

  • QIIME2 (2021.8) 分析流程 - MAE-MBL HackMD

    由於繁體中文分析流程多半只附上指令,
    解說部分寥寥可數,因此有本系列文章的出現 ( •̀ ω •́ )✧ (歪了)

    在原文部分,這網站兼具美觀與流暢的排版設計,
    搭配一頁式的設計索引,相當推薦研究者收藏查閱。

  • 微生物體定序分析技術文章 - BIOTOOLS CO., LTD

    BIOTOOLS 公司部落格提供相當多 Microbiota 分析相關知識,
    包含分析套件與知識補充,
    是個可以輕鬆看的繁中科普兼技術文章的網站~

  • QIIME2 (2021.2) 簡中教學手冊 - 劉永鑫 Adam CSDN 中國開發者社群

    善於教生物的YT印度人與簡中資源是快速理解知識的途徑之一,
    在 CSDN 上 劉永鑫 Adam 研究員的文章推薦害怕原文的學生觀看,
    編寫了一系列 QIIME2 教學文,
    一樣提供一頁式的索引,不過 CSDN 網站 UX 體驗可能還需要加強,
    我常常在裡面迷路找不到下篇文章在哪裡 QQ (說不定是自己的問題)。

Facebook 社群

是許多微生物研究者 (Bioinfomatic) 齊聚一堂的地方,
會發文的多半是大老/教授分享最新的 Paper 有的還會附帶中文摘要~
帶你快速領略文獻重點與新穎點,是個可以快速獲取新知的好地方,
一個不小心也會看到自己教授也潛伏在社團之中,
研究生就是窩在裡面默默吸取日月精華就對了~

鐵人賽首次參賽心得

身為一個大學從生物實驗 (Wet Lab) 斜槓生物資訊(Dry Lab) 的學生,
起初難以適應的是為什麼做分析都沒有學長姊的 Protocol 可以看 (崩潰),
Wet Lab 所有秘笈實驗步驟,可是一切盡在實驗室家書與老師學長姐腦海啊,
實驗做不出來靠網路找問答通常是沒什麼用處的 (乖乖去看 Paper。

漸漸才發現,Dry Lab 技術則一切盡散布在網路世界,
面對分析工具與套件滿天飛的資訊爆炸,
能夠學會收斂內化整理資訊資源是研究生的基本生存之道。

經歷一路跌跌撞撞,為了讓未來剛踏入的微生物生資人更省力些,
東湊西湊勉強勉強生出了 30 篇文章,
這一切產文過程得來不易,耗盡了不知多少 ATP (Adenosine triphosphate),
無數個六七點早晨都是鐵人賽的迎接,(這習性對研究生相當不友善)
終於完成了 QQ

如有任何問題可至個人資訊中 Medium 連結找到我~
希望本系列文章對你有所幫助 !
2022.10.15

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系列文
16S rRNA 從次世代到三代定序-生資QIIME2資料分析趣33
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